この社は、近江一の宮といわれ、長い歴史と由緒を持つ全国屈指の古社です。祭神は、日本武尊（やまとたけるのみこと）で、社宝としては、平安時代の作で日本武尊の妃といわれる木造女神像があります。その木造女神像は境内にある石灯籠とともに重要文化財に指定されています。
毎年８月に行われる船幸祭は、日本武尊が海路を渡った故事に基づき行われる建部大社を代表する例祭で、瀬田川を海路に見立てて、神輿の船渡御が行われるなど、琵琶湖と一体となった瀬田川の水の恵みに感謝する念が込められた水にまつわる祈りを現す祭となっています。