永源寺は、臨済宗・黄檗宗の各派15本山のひとつ、永源寺派の大本山で、全国に127の末寺を擁し、坐禅研鑽と天下安全を祈願する古道場です。
南北朝時代の康安元年（1361）近江守護職 佐々木六角氏頼（うじより）公が、高僧のほまれ高い寂室元光禅師（じゃくしつげんこう）に帰依し、領内の勝景である雷渓（らいけい）を寄進し伽藍を創建したことに始まりました。氏頼公は、高野山で僧の修行をされたこともある篤信の人で、その法名「雪江宗永」および佐々木源氏の嫡流であったことから「永源寺」と命名されました。
また山号の「瑞石山」は、はじめ飯高山と称したのを、伽藍の造営時に巨大な台石がわずかの人足の力で動いたこと、本尊 観世音菩薩が大岩の上に出現されたことなど、さまざまな石にまつわる奇瑞があり、それに因って改号されたと伝えられています。
禅師が入寺、開山されると、その高徳を慕う僧俗二千人あまりが集い、往時には山中に五十六坊もの末庵を有したといいます。